Состав Синода со времени его учреждения неоднократно подвергался основательным переменам. Уже при Екатерине I (1725 – 1727 гг.) он был разделён на два департамента (1726 г.): духовный и экономический. Первый департамент, в ведении которого оставлены были исключительно духовные дела, состоял из Перовоприсутствующего (после кончины митрополита Стефана в 1722 году новый президент Синода уже не назначался) и шести членов. Экономический департамент ведал земельными владениями монастырей и епархиальных домов и состоял из чиновников. При Екатерине I Синод перестал называться «Правительствующим» и стал «Духовным Синодом». Впоследствии восстановлено было его первоначальное название. Что касается экономического департамента Синода, то он под различными названиями: «камер-контора», «коллегия экономии» – не один раз передавался из ведения Синода в ведение Сената и обратно, пока, наконец, в результате секуляризации населённых церковных земель от управления ими не была окончательно устранена церковная власть.
При императрице Анне (1730 – 1740 гг) Синод состоял из трёх архиереев, двух архимандритов и двух протоиереев (настоятелей кремлёвских Успенского и Благовещенского соборов). По штатам 1764 года в Синоде положено было состоять трём архиереям, двум архимандритам и одному протоиерею.
По штатам, утверждённым в 1818 году, в Синоде присутствовали семь лиц, один из которых именовался «Первенствующим». При Николае I (1825 – 1855 гг.) места архимандритов в Синоде заняли главный священник гвардии и гренадерских корпусов (он же духовник царя) и главный священник армии и флота. Впоследствии Синод приобрёл исключительно архиерейский состав, что больше соответствовало церковным канонам. В него входили, как его постоянные члены, митрополиты Петербургский (обычно, но не всегда первенствующий), Киевский и Московский, зачастую и Экзарх Грузии. Иногда членами Синода назначались другие архиереи, обычно в связи с их выдающимися заслугами. Например, членом Синода был митрополит Иосиф (Семашко), инициатор воссоединения униатов на Полоцком Соборе 1839 года. Другие архиереи, которые вызывались в Синод (по его представлению) указами императора на неопределённый срок, именовались «присутствующими в Синоде». В XX веке в Синод стали вызывать протопресвитеров.
В XVIII столетии Святейший Синод возглавляли такие выдающиеся архипастыри, как митрополит Новгородский Димитрий (Сеченов) и митрополит Новгородский и Петербургский Гавриил (Петров), в XIX – митрополиты Новгородские и Петербургские Михаил (Десницкий), Серафим (Глаголевский), Григорий (Постников), Исидор (Никольский) и митрополит Киевский Иоанникий (Руднев), в начале XX столетия – митрополит Петербургский и Ладожский Антоний (Вадковский) и священномученик Владимир (Богоявленский), митрополит Петербургский, а потом Киевский. В состав Святейшего Синода в качестве его членов в разное время входили такие крупные церковные деятели, как митрополиты Платон (Левшин), святитель Филарет (Дроздов), Филарет (Амфитеатров), святитель Инокентий (Вениаминов), Макарий (Булгаков); для присутствия в Синоде на несколько лет вызывались архиепископы Никанор (Бровкович), Арсений (Стадницкий) (позже митрополит), святой Тихон и Сергий (впоследствии Патриархи) и другие выдающиеся архипастыри.
В 1722 году указом императора учреждается должность синодального обер-прокурора. Первым обер-прокурором был И. В. Болтин, занимавший эту должность с 1722 по 1725 год.
Инструкция обер-прокурора была буквально списана с инструкции генерал-прокурора при Сенате. Обер-прокурором, по мысли Петра I, должен был назначаться «из офицеров добрый человек». Ему вменялось в обязанность быть «оком государя и стряпчим по делам государственным».
Для высшей церковной власти XIX века характерно поэтапное расширение прав обер-прокурора: при князе А. Н. Голицыне, графе Н. А. Протасове и, особенно, К. П. Победоносцеве права эти были расширены настолько, что из чиновника, только контролирующего ведение синодальных дел со стороны юридической правильности и соблюдения интересов государства, как это было предусмотрено в петровской инструкции, обер-прокурор стал полномочным министром, ответственным перед императором не только за соблюдение юридической формы в деятельности Синода, но и по существу. Эти новые полномочия обер-прокурора возникли из того, что при Александре I были отменены личные доклады царю первоприсутствующего члена Синода. Право представления регулярных личных докладов императору по церковным делам и присутствия на заседаниях Комитета Министров и Государственного Совета приобрёл обер-прокурор.
В круг обязанностей обер-прокурора входило:
наблюдение за исполнением государственных законов по Духовному ведомству и контроль за своевременным исполнением дел;
просмотр протоколов Святейшего Синода, прежде чем они будут приведены в исполнение;
представление докладов Синода императору и объявление Синоду Высочайших повелений;
присутствие на заседаниях Государственного Совета и Комитета Министров по делам Православной Церкви;
через обер-прокурора осуществлялись все сношения Синода с министрами и другими высшими светскими начальниками;
к нему на предварительные заключения поступали все рассматриваемые в Сенате дела, которые касались церковной недвижимости;
обер-прокурор являлся главным начальником для светских чиновников, состоявших на службе в Духовном ведомстве.
Как государственный сановник, равный по своим правам министрам, обер-прокурор имел при себе заместителя – товарища обер-прокурора – и канцелярию, подобную департаментам при министерствах. Эта канцелярия была учреждена в 1839 году. Кроме канцелярии обер-прокурора, существовала ещё и канцелярия Святейшего Синода, но и она подчинялась обер-прокурору. В ней рассматривались и подготавливались дела, которые утверждались Синодом. Обер-прокурору были также подчинены секретари епархиальных духовных консисторий. Помимо трёх упомянутых выше обер-прокуроров, значительным влиянием пользовались также такие обер-прокуроры, как граф Д. А. Толстой в 70-е годы XIX века и В. К. Саблер – в начале XX века.
В 1839 году, по инициативе обер-прокурора графа Н. А. Протасова, было учреждено подчинённое обер-прокурору хозяйственное управление, в ведении которого находилось всё имущество и денежные средства Синода. В 1867 году при Святейшем Синоде был открыт Учебный Комитет. Его председатель и девять членов назначались Синодом: председатель – непременно из духовных лиц, а члены – из духовных и светских. Причём, светские члены утверждались Синодом по представлению обер-прокурора. Помимо постоянных членов, к участию в деятельности Комитета председателем приглашались и другие лица (с ведома Синода или обер-прокурора) из проживающих в Петербурге учёных и педагогов. Учебный Комитет осуществлял общее административное управление и научно-методическое руководство семинариями и духовными училищами.
В непосредственном ведении Синода находились также две синодальные конторы: Московская и Грузино-Имеретинская. Первая из них, под председательством Московского митрополита, а в его отсутствие – первого викария епархии, состояла из архиереев, находящихся на покое в московских монастырях, архимандрита одного из московских ставропигиальных монастырей и протопресвитера Успенского собора. Эти кандидатуры утверждались по представлению Святейшего Синода Высочайшими приказами. Синодальная контора в Москве заведовала Успенским собором, московскими ставропигиальными монастырями, Синодальным домом, церковью Двенадцати Апостолов, синодальной ризницей и библиотекой. Кроме того, она ведала приготовлением святого мира.
Грузино-Имеретинская синодальная контора под председательством экзарха Грузии состояла из четырёх членов: трёх архимандритов и одного протоиерея. Она имела гораздо более широкие полномочия, чем Московская, являясь своего рода синодальным отделением по управлению грузинскими епархиями. Синодальная контора во главе с экзархом избирала кандидатов на вакантные грузинские кафедры и представляла их для утверждения Синоду. Епископы Грузии, управляя своими епархиями, в своей деятельности находились в зависимости от экзарха и синодальной конторы. Должность экзарха в разное время исполнял ряд выдающихся иерархов – архиепископы, впоследствии митрополиты Феофилакт (Русанов), Исидор (Никольский), Иоанникий (Руднев), священномученик Владимир (Богоявленский). В ведении Грузино-Имеретинской конторы в конце XIX века состояла также Умрийская духовная миссия, которая впоследствии переподчинена была непосредственно Святейшему Синоду, под прямым управлением которого состояли и другие миссии.
Каноническая ущербность синодальной системы отягощала совесть архиереев, клириков и мирян. В царствование Александра II необходимость преобразования церковного строя начинает обсуждаться публично. Чрезвычайно характерна в этом отношении записка А. Н. Муравьёва «О состоянии Православной Церкви в России» (1856 г.), в которой он высказался за упразднение или, по меньшей мере, существенное сужение полномочий обер-прокуратуры, и даже за восстановление Патриаршества. В 1880-е годы в епархиальных городах России – Петербурге, Киеве, Казани – проходят совещания епархиальных архиереев отдельных регионов, на которых обсуждаются вопросы церковной жизни, особенно острые в этих местностях. В литературе такие епископские совещания получили название «соборы».
У церковного народа появляется надежда на созыв Всероссийского Поместного Собора. В умах людей, особенно болезненно переживавших неканоничность синодального управления, зреет мысль о восстановлении Патриаршества.
Когда в ходе революции 1905 – 1917 годов были изданы манифесты, предоставлявшие широкие права иноверцам, инославным и старообрядцам, духовенство и церковная общественность встревожились тем, что Православная Церковь, находившаяся в течение 200 лет под жёсткой опекой государственной власти, может оказаться в худшем положении, чем иноверцы и инославные религиозные объединения. Об этом тогда заговорили с амвонов и на страницах церковной печати. Созыв Поместного Собора почти всеми в Церкви осознан был, как необходимое, безотлагательное дело.
И сразу обнаружились разногласия по поводу состава предстоящего Собора. В Петербурге образовалась «группа тридцати двух», провозглашавшая задачу обновления самых основ церковной жизни. Эта группа требовала широкого представительства клириков и мирян на Соборе, и чтобы они (клирики и миряне) получили равные права с епископами в решении всех вопросов церковной жизни. В данной тенденции откровенно проявились сословно-партийные интересы обновленцев, стремление закрепить побольше прав и привилегий за белым духовенством за счёт епископата и монашества; монашествующих не епископов представители «группы тридцати двух» вообще считали нецелесообразным и неканоничным призывать на собор. «Не считая правильной мысль, что первый Собор, по встречающимся для совершенной организации его затруднениям, может состоять из одних только епископов, мы полагаем, что он-то, прежде всего, и должен обладать характером всецерковного представительства», – отмечалось в мае 1905 года в записке «группы тридцати двух» митрополиту Петербургскому Антонию (Вадковскому) – 200-летнее отсутствие Соборов и современное положение высшей иерархии, не избираемой, как встарь, самими Церквями, то есть клиром и народом самих вдовствующих Церквей, обязательно требует участия на соборах низшей иерархии и мирян».
Обновленцы пугают своих оппонентов церковным расколом, который произойдёт, если их требования о равноправном участии клириков и мирян в Соборе не будут приняты. «Епископы выработают и утвердят в Соборе проект устроения; но решение их не получит силы только от того, что оно будет единогласным желанием всех епископов. Церковь скажет или, по крайней мере, может сказать, что не одобряет такого устроения дел, не желает его и признаёт не соответствующим ни действительным её потребностям, ни хранимому ею преданию. Права или не права будет эта, невольно отрешённая от епископов Церковь, но раскол произойдёт», – писал член «Союза церковного обновления» Н. П. Аксаков. Для Первоиерарха Русской Церкви авторы «Записки» предусматривали титул архиепископа столичного города или даже Патриарха, но не хотели наделить его никакими административными правами по отношению к другим епископам, предоставляя лишь первенство чести.
Совершенно противоположных убеждений о характере предстоявших преобразований высшей церковной власти придерживался епископ Антоний (Храповицкий). «Епископы, – писал он тогда, – имеют над собой не только Патриарха, но и изъявляют готовность подчиниться митрополитам. Власть Патриарха получит ведь только один, а остальные сделаются его послушниками: семеро (имеются в виду митрополиты, стоящие во главе митрополичьих округов) – непосредственными, а прочие 92 – послушниками митрополита. Это столько же похвально со стороны епископов, сколько полезно для Церкви, ибо при ослаблении общей церковной дисциплины необходима твёрдая власть и над всеми нами». Епископ Антоний выступал за исключительно епископский состав ожидаемого Собора.
С глубоким разбором вопроса о составе поместного собора выступил в печати архиепископ Финляндский Сергий (будущий Патриарх). Он писал: «Можно ли, стоя на строго канонической точке зрения, утверждать, что клирики и миряне имеют право, наравне с епископами, участвовать с решающим голосом в областных Соборах… Ответ может быть только отрицательный. Что клир и миряне обязательно присутствовали на соборах и что некоторые из них принимали в рассуждениях Собора самое замечательное участие, это правда… Но сказать, чтобы таков был закон церковный, обязательный для всех, чтобы этого требовали правила Святых Апостол и Святых Вселенских и Поместных Соборов… невозможно. «Книга правил» не содержит никаких узаконений для участия клира и мирян в областных Соборах и, напротив, всюду, где говорит о Соборах, говорит только об епископах и никогда о пресвитерах, клириках и мирянах (19-е правило IV Вселенского Собора; 8-е правило Трулльского Собора; 6-е правило VII Вселенского Собора; 14-е, 27-е, 87-е, 141-е, 142-е правила Карфагенского Собора; 40-е правило Лаодикийского Собора и прочие).
Однако ради единства и мира церковного, архиепископ Сергий считал допустимым призвать для участия в Соборе клириков и мирян: «Но, – отмечал он, – нужно поставить это участие так, чтобы оно не разрушало… основного принципа канонического строя». Для этого архиепископ Сергий предлагал ввести в положение о Соборе такое условие: «Всякое постановление общего Собора, достигнуто ли оно путём голосования или без него, получает силу закона, но может быть опротестовано с указанием мотивов и передано на рассмотрение Собора одних епископов. Если постановление имеет характер догматико-канонический, для протеста достаточно одного голоса, кому бы он ни принадлежал. Во всех остальных случаях необходимо, чтобы протест был заявлен или поддержан не менее как одной четвертью присутствующих». Епископат, в целом, стоял на позициях, выраженных в выступлениях архиепископов Антония и Сегрия. В том же духе был составлен доклад Святейшего Синода, представленный государю в 1905 году.
Специально учреждённое Предсоборное Присутствие подготовило материалы для предстоящего Поместного Собора и было распущено указом святого императора Николая II. Работу присутствия продолжил Святейший Синод, который 5 апреля 1907 года представил царю доклад о программе занятий предстоящего Поместного Собора. Царь наложил на доклад резолюцию, в которой велел отложить созыв Собора «ввиду переживаемого ныне тревожного времени». В 1912 году материалы присутствия пересматривались Предсоборным Совещанием, но до созыва Собора дело опять не дошло.
Лишь после отречения императора Николая II, который, согласно коронационному манифесту Павла I от 5 апреля 1797 года имел статус главы Церкви, возникла необходимость в устроении нового порядка церковного управления. Временное правительство проводило политику, направленную на построение исключительно светского государства, на отделение Церкви от государства. Созыв Собора в сложившихся условиях нельзя было откладывать долее. В 1917 году Предсоборный Совет, работавший под председательством архиепископа Финляндского Сергия, подготовил «Положение о Всероссийском Поместном Соборе».