Православная Церковь Чешских земель и Словакии включает в свой состав четыре епархии: Пражскую и Оломоуцко-Брненскую, находящиеся на территории Чехии, и Прешовскую и Михаловскую — на территории Словакии.
Пражская епархия является наследницей Чешской православной епархии, созданной в 1929 г. и входившей в юрисдикцию Сербской Православной Церкви. Епархия была создана из чешской православной общины, отделившейся от Чехословацкой (гуситской) церкви в 1924 г.
Духовным лидером общины был святитель Горазд (Павлик). Общины и приходы, составлявшие епархию, находились в разных регионах на территории современной Чехии. После казни святителя Горазда в 1942 г. епархия была фактически уничтожена немецкими оккупационными властями. Восстановлена в мае 1945 г.
8 октября 1945 г. епархиальный съезд, состоявшийся в Оломоуце, высказался за переход Чешской православной епархии в юрисдикцию Московской Патриархии. В 1946 г. епархия преобразована в экзархат Русской Православной Церкви. Первым его экзархом стал архиепископ Елевферий (Воронцов), прибывший в Прагу в мае этого года.
В 1949 г. по решению епархиального съезда, состоявшегося в Праге, Чешская православная епархия разделена на две самостоятельные епархии: Пражскую и Оломоуцко-Брненскую. С тех пор Пражская епархия существует в своих нынешних пределах.
После провозглашения автокефалии Чехословацкой Православной Церкви в 1951 г. и до 1992 г. пражские митрополиты являлись по положению одновременно и Предстоятелями Чехословацкой Православной Церкви.
С декабря 1992 г. в соответствии с новым Уставом Предстоятелем Православной Церкви Чешских земель и Словакии может быть не только архиепископ Пражский, но и архиепископ Прешовский.
На территории Пражской епархии находится 39 храмов (1 в совместном использовании с Римо-Католической Церковью) и 10 часовен (1 в совместном использовании с Чехословацкой гуситской церковью), объединенных в 31 приход. Приходы разделены на 5 окружных протопресвитератов (благочиний). Действует один мужской монастырь (преподобного Прокопия Сазавского в Мосте).
Оломоуцко-Брненская епархия в качестве самостоятельной существует с 7 декабря 1949 г. Прежде являлась частью Чешской православной епархии (см. Пражская епархия).
На момент образования епархии на ее территории находилось 15 общин, окормлявшихся 14 священниками. Первым ее епископом стал сподвижник свт. Горазда прот. Честмир Крачмар. Он был рукоположен во епископа 5 февраля 1950 г. в Оломоуце митр. Елевферием (Воронцовым), митр. Николаем (Ярушевичем) и архиеп. Макарием (Оксиюком).
Через год после образования отдельной епархии в ней действовало уже 24 прихода. Владыка Честмир управлял епархией в течение четырех лет, после чего вынужден был оставить кафедру из-за конфликта со светскими властями. На его место был избран прот. Микулаш Келли из Прешовской епархии (один из воссоединившихся с Православием униатских священников), принявший в монашестве имя Климент. Он занимал кафедру до 1959 г.
В 1959-1982 гг. кафедра оставалась вдовствующей, в результате чего епархия пришла в запустение. В 1982 г. Оломоуцко-Брненским епископом стал Преосвященный Никанор, занимавший с 1980 г. Михайловскую кафедру.
После возвращения епископа Никанора в 1987 г. в юрисдикцию Московской Патриархии, епископом Оломоуцко-Брненским был избран игумен Криштоф (Христофор Пулец). Его епископская хиротония состоялась 17 апреля 1988 г. в Оломоуцком кафедральном соборе св. Горазда I.
В 1988 г. в состав епархии входило 20 общин, окормлявшихся 13 священнослужителями. К 2000 г. число приходов достигло 30, а священнослужителей 47 человек. После смерти Митрополита Дорофея еп. Криштоф стал Архиепископом Пражским.
8 апреля 2000 г. на епархиальном собрании епископом Оломоуцко-Брненским был избран Преосвященнейший Симеон (Яковлевич), с 1998 г. являвшийся епископом Мариансколазенским, викарием Пражской епархии. Результаты выборов были утверждены Священным Синодом Православной Церкви Чешских земель и Словакии. 9 апреля 2000 г. состоялась интронизация епископа Симеона на Оломоуцко-Брненскую кафедру.
На территории Оломоуцко-Брненской епархии находится 23 храма (из них 1 в совместном пользовании с Римо-Католической Церковью, 1 — с Чехословацкой гуситской церковью) и 9 часовен, объединенных в 30 приходов. Приходы разделены на 5 протопресвитератов (благочиний). Действуют 2 монастыря (мужской святого Горазда в Грубе Вербке и женский Успения Пресвятой Богородицы в Вилемове у Литовле).
С 1816 г. в Прешове существовала отдельная Греко-католическая епархия. В 1929 г. из воссоединившихся с Православием униатов создана Мукачевско-Прешовская епархия входившая в юрисдикцию Сербской Православной Церкви. Она включала в себя приходы Подкарпатской Руси и Восточной Словакии.
В 1945 г. в связи с присоединением Закарпатской Украины к СССР создана отдельная Мукачевско-Ужгородская епархия в составе Русской Православной Церкви. В 1950 г. после упразднения Ужгородской унии на территории Словакии созданы две отдельные епархии: Прешовская и Михайловская. В том же году Прешовскую кафедру занял епископ Алексий (Дехтярев), который управлял ею до 1955 г.
В 1955 г. епископом Прешовским стал Преосвященный Дорофей (Филипп). После его избрания Митрополитом Пражским и всея Чехословакии 23 октября 1964 г. Прешовскую кафедру занял епископ Николай (Коцвар).
На территории Прешовской епархии находится 100 храмов и 3 часовни, объединенных в 79 приходов. Приходы разделены на 8 архидеканатов (благочиний). 28 общин, которые не имеют храмов, совершают богослужения на переносных престолах. 2 общины используют храмы совместно с католиками. 1 община совершает богослужения в храме Евангелической церкви. Действует один мужской монастырь (Положения ризы Пресвятой Богородицы).
Значительное количество общин не имеют помещения для совершения богослужений. Они присоединены к территориально ближайшим к ним приходам, имеющим храмы или переносные престолы.
Михаловская епархия создана в 1950 г. Первым епископом Михаловским стал Преосвященный Александр (Михалич), бывший греко-католический каноник, воссоединившийся с православием на Прешовском Соборе 1950 г. Его преемниками были епископы Мефодий (Милли), Мефодий (Канчуга), Кирилл (Мучичка).
В 1980-1982 гг. Михайловской епархией управлял еп. Никанор. После перехода владыки Никанора на Оломоуцко-Брненскую кафедру епископом Михаловским стал Преосвященный Иоанн (Голонич).
На территории епархии находится 25 храмов, объединенных в 26 приходов. Приходы разделены на 4 архидеканата (благочиния). 8 общин, которые не имеют храмов, совершают богослужения на переносных престолах.