Согласно Положению, принятому в 1945 году за подписями Католикоса–Патриарха всея Грузии Каллистрата и всего епископата Грузинской Православной Церкви, законодательная и высшая судебная власть принадлежит Церковному Собору, который состоит из духовенства и мирян и созывается Католикосом–Патриархом по мере необходимости. Католикос избирается Церковным Собором путем тайного голосования (принятие монашества не обязательно) и дает Собору отчет в управлении. При Католикосе–Патриархе действует Священный Синод, состоящий из правящих епископов и викария Католикоса.
Церковной жизнью епархии, подразделяемой на благочиннические округа, руководит епископ. Приходом управляет Приходской Совет, в состав которого входят все члены причта и не менее трех представителей мирян, избранных Приходским Собранием на трехлетний срок. Председателем Приходского Совета является настоятель храма.
Священнику Грузинской Православной Церкви предписывается: «Постоянно проживать в своем приходе и не покидать его, особенно во дни распространения повальной болезни и когда приходу угрожает какая–либо опасность; быть внимательным к себе и собственному поведению как в обществе, так и у себя дома; отправлять общественное богослужение в установленное время, в селах же — в часы, свободные от сельскохозяйственных работ; по просьбе прихожан совершать требуемые священнодействия; следить в приходе за выполнением требований церковной дисциплины и нравственности; …его первейшей обязанностью является проповедь и вообще наставление в делах веры и нравственности…»
Специальными инструкциями, принятыми на Поместных Соборах Грузинской Православной Церкви в 1920 и 1927 годах, определяется порядок венчания браков, снятия церковного благословения с венчанных лиц, распределения братских доходов между членами причта, вручения наград, служебных отношений членов причта в тех приходах, где имеется несколько священников».
Из 36 исторически сложившихся епархий восстанавливаются 15. «Действующей епархией считается та, в которой служат не менее двух священников». Кроме Католикоса имеется 13 архиереев (на 1982 г.).
Всего Грузинская Православная Церковь насчитывает 296 приходов (на 1990 г.). Имеется и 11 монастырей.
В Мцхете с 1969 года функционирует Духовная Семинария, а с 1988 года в Тбилиси — Духовная Академия. Издается ежегодно на грузинском языке иллюстрированный церковный календарь и дважды в год журнал «Джвари Базиса» («Крест виноградной лозы»). Издается также и другая церковная литература.
Богослужение совершается на грузинском и славянском языках. В Сухумо–Абхазской епархии богослужение совершается и на греческом языке (частично).
С конца восьмидесятых годов Грузинская Православная Церковь начала вести пастырскую работу среди заключенных. В 1990 году был освящен в исправительно–трудовой колонии в Рустави первый православный храм. Новый храм, построенный самими заключенными, посетил Святейший Патриарх–Католикос Илия II, который встретился с заключенными и администрацией колонии, а таинство Крещения совершил инспектор Тбилисской Духовной Академии и Семинарии.
Грузинская Православная Церковь принимает деятельное участие в борьбе за мир во всем мире. Ее делегаты были на всех пяти Всехристианских Мирных Конгрессах в Праге, на Всемирном Конгрессе миролюбивых сил в Москве (1973), были деятельными участниками и в деяниях Всемирной Конференции «Религиозные деятели за прочный мир, разоружение и справедливые отношения между народами», состоявшейся также в Москве (1977). Святейший и Блаженнейший Давид V, Католикос–Патриарх всея Грузии, входил в состав Президиума данной Конференции и др.
В 1962 году на Парижской сессии Центрального Комитета Всемирного Совета Церквей Грузинская Православная Церковь была принята в качестве члена этой организации. С тех пор представители древней Иверии неоднократно свидетельствовали свою православную веру и свой взгляд на различных экуменических собраниях, устраиваемых Всемирным Советом Церквей.
К сожалению, на Всеправославных Совещаниях Грузинская Церковь не занимала должного ей места, так как греки, начиная с Константинопольской Церкви, двусмысленно относились к ее автокефалии и входили в прения относительно занимаемого ею места в иерархическом порядке Поместных Православных Церквей, хотя и заявляли: «Мы надеемся и желаем, чтобы Грузинская Церковь заняла в скором времени подобающее ей в древности и истории место в ряду Православных Церквей».
Необходимо отметить, что в 30–е годы текущего столетия Константинопольская Патриархия признавала автокефалию Грузинской Церкви, что следует из переписки того времени между Предстоятелями Константинопольскими и Грузинскими, но потом заняла по отношению к ней сдержанную позицию. Тот факт, что Константинопольская Патриархия пригласила Грузинскую Церковь направить в 1961 году на Первое Всеправославное Совещание только двух представителей, а не трех (было решение, что Автокефальные Церкви посылают трех представителей–епископов, а Автономные — двух), приводит к мысли, что она относилась к ней скорее как к Автономной. Это же следовало и из календаря Элладской Православной Церкви, где Грузинская Церковь помещалась в числе Автономных Церквей, причем подлежащих духовному ведению Константинополя.
Во время Третьего Всеправославного Совещания представитель Константинополя, отвечая на вопрос журналиста: как нужно считать Грузинскую Церковь — автокефальной или автономной и какое иерархическое место она занимает в ряду Поместных Православных Церквей, — ограничился ответом, что положение ее «неопределенное». Тогда же представители Константинополя настаивали, чтобы Грузинская Церковь заняла лишь двенадцатое место среди других Церквей, присутствовавших на острове Родос (после Польской Православной Церкви).
Представитель Грузинской Православной Церкви епископ Шемокмедский Илия (Шиолошвили; ныне Католикос–Патриарх) энергично, настойчиво и вместе с тем с достоинством протестовал как в частных переговорах с представителями Константинополя, так и на официальных заседаниях против их несправедливого отношения к древней Церкви Иверии, но делегаты Вселенской Патриархии не уступали. Свое поведение они объясняли тем, что они придерживаются порядка, существующего в их Церкви, что на данном Совещании вопрос об иерархическом порядке Церквей не может обсуждаться, так как не входит в повестку Совещания, что, в лучшем случае, можно лишь выносить предложение о созыве нового Всеправославного Совещания, которое бы занялось решением вопроса об иерархических местах всех Православных Церквей.
Невзирая на такое отношение константинопольских делегатов, епископ Илия, стремясь сохранить единство Православия и понимая важность подлежащих обсуждению вопросов, все–таки принял участие в деяниях Совещания. Однако вопрос оставался открытым, и на Четвертое Всеправославное Совещание, проходившее в 1968 году в Женеве, Грузинская Православная Церковь не послала своих представителей. Не было их и на Межправославной Богословской конференции, проходившей в Белграде с 1 по 15 сентября 1966 года. Лишь после переговоров, которые велись между представителями Грузинской и Константинопольской Церквей в 1988 году, последняя стала признавать первую Автокефальной Церковью, но в диптихе Поместных Православных Церквей ставит ее после Церкви Болгарской.
Что касается Русской Православной Церкви, а также и большей части иных Автокефальных Православных Церквей, то они считали и считают, что Грузинская Православная Церковь в иерархическом порядке Поместных Православных Церквей занимает шестое место (после Русской). Это место принадлежит ей по праву как Церкви древнейшей и патриаршей. Примечательно, что место это не оспаривалось ни одним из представителей различных Поместных Православных Церквей во время литургических сослужений в Москве.