Сочинения «Против Евномия» и «К Авлавию» представляют собой полемику против арианства. В этой полемике святой Григорий, как и другие отцы-каппадокийцы, стремился показать, что никейский термин «единосущный», не подразумевал модализма, в чем его подозревали многие восточные богословы. Чтобы опровергнуть упреки в модализме, каппадокийцы особенно подчеркивали различия ипостасей Отца, Сына и Духа. Для них новозаветная вера начиналась с утверждения божественной природы Иисуса Христа (Мф. 16, 16), и уже отсюда делался неизбежный шаг, утверждение единства и единосущия Сына с Отцом. Таким образом, в соответствии с интуицией восточного богословия рассуждение проводилось от Троицы к единству божественного бытия. На Западе блаженный Августин рассуждал в обратном направлении: прежде всего утверждалось, что Бог един, а потом уже следовали умозаключения о Его трех Лицах (ипостасях).
Бог каппадокийцев — не «Бог философов и ученых» (Паскаль): вся их система зиждилась на вере, которая провозглашала Иисуса Христа личным Богом. С философской точки зрения их, естественно, упрекали в тритеизме, «троебожии», отсюда и заглавие книги Григория Нисского «О том, что не три Бога». Отклоняя подобные обвинения, святой Григорий утверждал, что Бог обладает единой энергией, единым действием. Это было по сути своей экзистенциальное утверждение о троичной энергии Божества. Ни одна из ипостасей не творит ничего независимо, поэтому вера в трехличного Бога — не троебожие, а опыт Его трехличных действий, разделить которые невозможно.
Этот аспект православного учения о Троице очень важен. В наше время многие не принимают всерьез учения о троичном Боге, а заменяют его упрощенным деизмом. Однако новозаветное понимание Бога всегда троично. Апостол Павел однажды попытался прибегнуть к философскому подходу, стараясь угодить вкусу афинян (Деян. 17, 19-34), но, как известно, его проповедь в Афинах оказалась безуспешной.
В трактате «Против Аполлинария» Григорий Нисский отстаивает полноту человечества и полноту божественности Иисуса Христа. Его христология предвосхищает халкидонскую: одна сущность — две природы. Интересно также, что в его писаниях пять раз употребляется слово Богородица.